Es el menor de seis hermanos y proviene de una familia humilde de San Solano, distrito de San Pedro de Paraná, departamento de Itapúa, lugar donde nació el 30 de mayo de 1951.

El conocido “obispo de los pobres” demostró sus motivaciones religiosas desde muy joven y con 19 años ingresa en el Noviciado de los Misioneros del Verbo Divino, en 1971, dos años después profesa sus primeros votos y en 1977 obtiene el título de licenciado en Ciencias religiosas.

Para esa fecha viaja al Ecuador para trabajar como misionero en la diócesis de la provincia andina de Bolívar, donde se vincula con las clases más pobres y conoce la Teología de la Liberación.

Regresa al Paraguay en 1982 y funge como ayudante de maestro de novicios en el Colegio Verbo Divino, hasta que 12 meses después viaja a Roma, Italia, para realizar estudios de Espiritualidad y Sociología, y se especializa en Doctrina Social.

Cuatro años después retorna a su país y cumple diversas funciones, entre ellas las de profesor del Instituto Superior de Teología de Asunción e integra la Comisión Doctrinal de la Conferencia Episcopal Paraguaya y el equipo de Reflexión Teológica del Consejo Episcopal Latinoamericano.

Entre 1992 y 1994 ocupa otras funciones, hasta que en esa última fecha, 17 de abril, fue ordenado obispo de la diócesis de San Pedro, una de las regiones más pobres del Paraguay y donde destacó por su apoyo a las luchas campesinas e indígenas en defensa de la tierra.

Bajo la premisa de que “la política es hacer posible lo que mucha gente piensa que es imposible”, Lugo se convierte en líder de la Concertación Nacional, a propuesta del Partido Patria Querida, segunda fuerza de la oposición en el país.

Esa agrupación unió a los principales partidos políticos de la oposición y organizaciones sindicales y sociales.

El 29 de marzo de 2006 encabeza una gran marcha en esta capital que logra movilizar a más de 40 mil personas contra las maniobras del mandatario Nicanor Duarte de reelegirse, lo cual está prohibido por la Constitución paraguaya.

Presenta su renuncia al ministerio sacerdotal y episcopal en diciembre de 2006 y antes de terminar el mes anuncia su ingreso a la vida política con miras a las elecciones de 2008, a las cuales es postulado por el Partido Demócrata Cristiano.

De la Concertación Nacional surge el 18 de septiembre de 2007 la Alianza Patriótica para el Cambio que lo lanza a la candidatura como presidente del Paraguay.